神奥旅程随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一起前往关都地区，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天的日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地区。
只是当他们道别的时候，时间齿轮被神秘力量给盗窃了，导致未来世界变得一片黑暗......
面对这末日危机，他们该何去何从？
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